Los cayos cuentan con una flora y fauna más acoplada con tierra firme con las islas de la bahía. Están rodeados de playas arenosas, óptimas para el anidamiento de la tortuga marina de Carey.

Entre su fauna terrestre, es famosa la Boa de los Cayos Cochinos, distinguida por su coloración rosada. La vegetación de ambos cayos es arbustiva y se encuentra en excelente estado de conservación.

Estos cayos además son famosos por la abundancia de su pesca. Sus arrecifes coralinos son modestos y no forman una barrera continua alrededor de los cayos.

Es conocido por su impresionante belleza natural, sus impresionantes playas de aguas cristalinas y rica biodiversidad marina. Es un destino popular entre viajeros aventureros que buscan escapar de la gran ciudad y disfrutar de la naturaleza en su estado más puro.

El archipiélago de Cayos Cochinos es un área protegida y cuenta con una rica cultura que puede visitar por su cuenta o con un tour.

Estas islas hondureñas son famosas por su rica biodiversidad marina, además de por su llamativo arrecife de coral. Por ello, una de las actividades más populares vayas por tu cuenta o en tour es practicar snorkel o buceo para poder observar las especies de fauna y flora que poblan el fondo marino de Cayos Cochinos.

En este recorrido se llegó a la Fundación Cayos Cochinos, un lugar protegido por el Gobierno de Honduras. En este sitio habitan personas expertas en preservación de los arrecifes de coral, además el sitio es utilizado para los reality shows.